Langs kysterne er der et rigt dyreliv på det lave vand f.eks. strandkrabbe, fjordreje og blåmuslinger. På øerne findes en del bestande af paddearter, som er opført på den danske liste over udryddelsestruede dyr, nemlig klokkefrø og grønbroget tudse, som begge er fredet, og hverken må fanges eller forstyrres. Den grønne frø er ret talrig på øerne i Det Sydfynske Øhav, og kan opleves i store bestande ved vandhuller og moser.
De største vildtlevende landdyr i Det Sydfynske Øhav, dog ikke på de helt små ubeboede øer, er dådyr og rådyr. Ellers ses rovdyr som ræv, grævling, husmår, brud, ilder, hermelin og undslupne mink.
I det kystnære vand kan man ofte være heldig at se marsvin, ofte i smågrupper, søge føde langs kysterne efter torsk, sild, makrel og andre småfisk.
Et andet større vandlevende pattedyr er spættet sæl, som holder til på sandodder, rev, øer og holme, hvor den hviler ud imellem fødesøgningerne.
